До середины XIX в. аптеки изготовляли все препараты в собственных химических лабораториях. С возникновением промышленного производства часть препаратов аптеки начинают закупать, однако все поступающие препараты подвергались исследованию. В обязанности аптекаря входило проведение судебно-химических и санитарных исследований, анализ руды и продуктов, вырабатываемых заводами по производству купороса, серы, квасцов, минеральных красок.
Научное значение аптеки характеризуется деятельностью многих выдающихся ученых, среди которых имена профессора Петербургской медико-хирургической академии А. П.Нелюбина (1785—1858) и профессора Московского университета А. А.Иовского (1796—1858) стоят в первом ряду. К концу XIX в. в России было около 300 магистров фармации, внесших значительный вклад в фармацевтическую науку.
Постепенно аптечная монополия, установленная Петром I, становится тормозом развития аптечного дела в стране: число аптек оставалось недостаточным, так как владельцы аптек, боясь конкуренции, резко сопротивлялись открытию новых аптек. Ощущался недостаток и в фармацевтических кадрах. Частная аптека в России рассматривалась как выгодное коммерческое предприятие, что способствовало спекуляции аптеками. Владельцы аптек стремились к повышению цен на лекарства. Производство лекарств было частично перенесено из аптек на заводы. Однако промышленность развивалась крайне медленно. Особенно плохо обстояло дело с химической и фармацевтической промышленностью: сырье, аппаратура, лабораторное оборудование полностью импортировались. К началу Первой мировой войны (1914—1918) в области снабжения медикаментами Россия оказалась в полной зависимости от Германии.
К началу XX в. частная аптека, за редким исключением, перестала выполнять свою основную задачу по лекарственному обеспечению населения. Упало значение аптечных лабораторий, аналитическая деятельность исчезла из аптек. Аптеки превратились в мелкие торговые предприятия. С появлением земской медицины, которая оказывала, как правило, бесплатную медицинскую помощь, открываются земские аптеки, отпускавшие лекарства бесплатно или по более низким ценам. Их было немного, они были плохо оборудованы и имели ограниченный ассортимент лекарств, поэтому не могли существенно изменить уровень лекарственной помощи населению. Лица, желавшие заниматься аптечным делом, но из-за сохранения монополии не имевшие возможности открыть аптеку, получали разрешение на открытие аптекарских магазинов, основания для открытия которых были те же, что и для обычных торговых предприятий.
Перед Первой мировой войной в России насчитывалось 4700 аптек и 7000 аптекарских магазинов. Владельцы аптек нуждались в дешевой рабочей силе, а так как подготовка кадров в основном осуществлялась путем ученичества в аптеках, то аптекарским ученикам приходилось много работать: средняя продолжительность рабочего дня составляла 14—15 ч, в число рабочих часов не входили дежурства (до 15 ночей в месяц), после которых отдыха, как правило, не полагалось. Условия работы для аптекарских помощников (гезелей) были не многим лучше.
Яркая характеристика аптекарского дела в России после Первой мировой войны была дана профессором Новороссийского университета М. Б.Блаубергом в докладе фармацевтическому обществу: «Современный строй аптечного дела совершенно не согласуется ни с требованиями науки, ни с требованиями жизни. Да и вообще аптечное дело, как поставлено в России, одно сплошное недоразумение».
После Октябрьской революции 1917 г. при проведении экономических преобразований государством использовалась идеология нерыночной, централизованной экономики. Тотальная национализация в чрезвычайных условиях помогала мобилизовать экономические ресурсы страны, а некоторые элементы этой идеологии, выразившиеся в отказе от рынка, денег, прибыли, вполне совмещались с централизацией государственного управления, администрированием, чрезвычайными мерами воздействия.
В июне 1918 г. был создан Народный комиссариат здравоохранения, первыми руководителями которого стали Н. А.Семашко и 3. П. Соловьев. Декларированные принципы советского здравоохранения (доступность, бесплатность, квалифицированность медицинской помощи) оказались трудными для исполнения в условиях политического террора, гражданской войны, катастрофического состояния экономики, разрушенной инфраструктуры народного хозяйства, в том числе здравоохранения и аптечного дела. Начался полный демонтаж старой системы медицинского, в том числе лекарственного, обслуживания. Старая система подготовки кадров была отброшена, фактически ликвидирована сеть гражданских лечебно-профилактических и лечебных учреждений, медицинский и фармацевтический персонал по законам военного времени подлежал обязательной мобилизации, а все наличные запасы лекарственных средств, предметов ухода за больными, медицинских инструментов – передаче в военные лечебные учреждения. Катастрофически ухудшилось санитарно-эпидемиологическое состояние в стране. Отсутствовали источники пополнения запасов медикаментов, которые быстро израсходовались в условиях экстремальных ситуаций. Число аптек сократилось.
Советом народных комиссаров 28 декабря 1918 г. был издан декрет о национализации аптек, в соответствии с которым все аптечные учреждения с их оборудованием, запасами, лабораториями и средствами конфисковывались у хозяев и передавались в ведение народных комиссариатов здравоохранения. Одновременно с национализацией аптек проводилась национализация фармацевтических предприятий. Управление фармацевтическим делом на местах было передано фармацевтическим подотделам медико-санитарных отделов местных Советов, которые разработали положения и инструкции о порядке отпуска лекарств и контроля за работой аптек, перечни лекарственных средств, разрешенных к отпуску. Аптеки существовали только при лечебно-профилактических учреждениях. Медикаменты децентрализованно распределялись и выдавались бесплатно.
В первые годы НЭПа были созданы хозрасчетные государственные аптеки, которые занимались продажей медикаментов населению и медицинским учреждениям, а также бесплатным отпуском лекарственных препаратов застрахованной части населения. Открывать частные аптеки можно было под контролем местных органов здравоохранения. Такое положение сохранялось недолго. В 1923 г. началось изъятие аптек у частных владельцев.
Однако в этот период начинают создаваться фармацевтическая промышленность и научно-исследовательские учреждения, занимающиеся синтезом новых лекарственных препаратов и разработкой методов их анализа, открываются контрольно-аналитические лаборатории для химического анализа лекарств. К 1925 г. увеличивается число аптек, расширяется их сеть. Как правило, это государственные аптеки двух видов: хозрасчетные открытого типа и бюджетные закрытого типа. Для улучшения лекарственного обслуживания населения в сельской местности открываются аптечные пункты. Руководство аптечной службой страны осуществляет аптечная инспекция Народного комиссариата здравоохранения СССР.
К началу Великой Отечественной войны советское здравоохранение располагало широкой сетью медицинских и аптечных учреждений, необходимым количеством высококвалифицированных медицинских и фармацевтических кадров. В тылу работа аптечных предприятий была перестроена в соответствии с требованиями военного времени, открывались новые производства по выпуску ампульных и галеновых препаратов, перевязочных средств, изыскивались новые сырьевые ресурсы для производства. Для заготовки лекарственного растительного сырья аптечные работники привлекали школьников и население. В 1943 г. ими было заготовлено 175 видов лекарственных растений (до начала войны заготавливалось 27 видов). На территории, попавшей под временную оккупацию, были разрушены и разграблены практически все учреждения здравоохранения, в том числе аптеки и аптечные пункты.
После освобождения от немецко-фашистских захватчиков восстановление всего разоренного требовало непомерного напряжения людских ресурсов и стоило нашей стране огромных материальных и финансовых затрат. В 1945 г. было создано Главное аптечное управление Наркомата здравоохранения, которое и возглавило восстановление аптечной службы. В России довоенное количество аптек было восстановлено к 1947 г.
В 1946 г. с целью объединения фармацевтических производств и заводов по выпуску инструментария и оборудования, научно-исследовательских институтов и лабораторий создается Министерство медицинской промышленности. Появляются изменения в организации и управлении аптечным делом: вводятся раздельная материальная ответственность, премиальная система оплаты труда аптечных работников, сверхплановые накопления аптечных учреждений и предприятий используются для открытия новых аптек. С 1960 по 1965 г. число аптек увеличилось на 2639, аптечных пунктов на 5743. Появляются новые формы работы с населением: в поликлиниках организуется продажа готовых лекарственных средств и предметов ухода за больными, а также принимаются рецепты на изготовление лекарств, в больницах разрешается продажа предметов санитарии и гигиены стационарным больным, вводится учет лекарств, необходимых хроническим больным. Контрольно-аналитические лаборатории становятся научно-методическими и консультационными центрами. Появляются межбольничные аптеки и филиалы аптек в поликлиниках. Расширяется отпуск лекарств за счет общественных фондов. Растет удельный вес готовых лекарств в рецептуре. Аптеки строятся по специальным типовым проектам, оснащаются необходимым технологическим оборудованием и аптечной мебелью в соответствии с требованиями НОТ, что повышает производительность труда и качество лекарственного обслуживания населения. Принимаются комплексные программы по развитию и укреплению материально-технической базы аптечной службы.
В 60—70-е гг. XX в. разрабатываются и внедряются первые автоматизированные системы планирования медикаментозного обеспечения и управления аптечной системой. В 80-е гг. активно разрабатываются вопросы улучшения лекарственного обеспечения населения в сельской местности, рационального использования лекарственных ресурсов и объективного планирования потребности в лекарственных средствах.
Начало экономических реформ в РФ сопровождалось появлением организаций различных форм собственности, одновременным использованием централизованных и децентрализованных закупок лекарственных средств для их обеспечения, внедрением платных медицинских услуг, обязательного и добровольного медицинского страхования.