Переход отечественной экономики к рыночным отношениям, сопровождавшийся процессами разгосударствления собственности, либерализации цен, а также активной интеграции в мировую экономику привел к ряду серьезных изменений на фармацевтическом рынке.
Изданное в 1992 г., во исполнение Указа Президента РФ, директивное указание Минздрава РФ объединениям «Фармация» о предоставлении прав юридических лиц с открытием расчетных счетов всем аптечным учреждениям привело к кардинальному изменению системы управления аптечной службой и экономических условий деятельности фармацевтических предприятий. Другим инструментом перехода к рыночным отношениям стало принятие Закона РФ «О конкуренции и ограничении монополистической деятельности» (1993).
На федеральном уровне в результате всех преобразований сложилась довольно парадоксальная картина. После ликвидации Минздрава СССР Всесоюзное объединение «Фармация» реорганизовалось в Российское импортно-экспортное объединение «Фармимэкс». Республиканское объединение «Росфармация» также сохранило свои позиции и после преобразования в акционерное общество открытого типа стало самостоятельной государственно-частной фирмой с правом заниматься любым бизнесом, разрешенным в России. Все эти объединения получили право самостоятельно заниматься внешнеторговой деятельностью. Однако сохранились и специализированные внешнеторговые объединения.
Наряду с данными коммерческими, государственными или смешанными организациями в составе центрального аппарата Минздрава РФ было образовано специальное управление по обеспечению лекарственными средствами и медицинской техникой. Функции этого управления заключались в государственном регулировании фармацевтической деятельности в России, т. е. за ним закреплялись функции руководства и контроля по соответствующим разделам работы аптечной службы. Одновременно от этих функций освобождались указанные выше коммерческие структуры.
Если число производственных предприятий, выпускающих медицинскую продукцию, за период с 1992 по 1994 г. изменилось крайне незначительно, а число аптечных учреждений розничной торговли в основном сохранилось на уровне начала 1992 г., то число оптовых организаций выросло с 88 до 3500, число складов — с 92 до 3400. Таким образом, в фармацевтическом секторе произошел переход от системы централизованного снабжения товарами аптечного ассортимента к децентрализованной.
Начало реформ сопровождалось рядом негативных явлений, таких как резкий рост цен на лекарственные средства (в течение первого года реформ — в 40 раз, в 1993 г. — в 300 раз), слабым государственным регулированием, снижением объемов оказания лекарственной помощи на условиях бесплатного и льготного отпуска, прекращением выпуска субстанций, сокращением выпуска готовых лекарственных форм.
В последующие годы государственная политика в области регулирования фармацевтического рынка была направлена на устранение этих отрицательных тенденций.