Для фармации средних веков характерно представление о том, что чем больше ингредиентов введено в лекарственное средство, тем больше будет подавлено болезнетворных начал. Этот принцип нашел отражение в приготовлении сложных лекарственных прописей. Число ингредиентов в одной лекарственной форме могло доходить до нескольких десятков. Особым уважением пользовался териак (универсальное противоядие), в состав которого входило около 70 составляющих. Готовили териак публично, в соответствии со специальными правилами. Постепенно отношение к териаку изменилось, и со временем он превратился в обычное слабительное средство.
На развитие фармации в средние века большое влияние оказали алхимики. Благодаря им были предложены и усовершенствованы методы перегонки, осаждения, фильтрации, кристаллизации, изобретена водяная баня, перегонный куб и другое оборудование для химических лабораторий. Арабскими учеными впервые были получены азотная и соляная кислоты, хлорная известь, препараты ртути, нитрат серебра, спирт (арабское название — алкоголь), введены первые правила приготовления лекарств. Развитию фармации на Востоке способствовало возникновение и распространение аптек. Первая аптека была открыта в Багдаде в 754 г.
Среди ученых Востока особое место занимает Авиценна (980—1037). Авиценна был разносторонне образованным человеком. Он многое сделал в области астрономии, физики, химии, геологии, географии, поэзии, музыки, философии, но особенно много в области медицины и фармации. Его пятитомный «Канон врачебной науки» охватывает вопросы анатомии, физиологии, патологии, терапии, фармации, гигиены. В двух томах содержатся описания «простых» и «сложных» лекарств. Всего Авиценна перечисляет 785 лекарственных средств растительного, животного и минерального происхождения с описанием способов их приготовления и применения.
Большую роль в истории фармации сыграла Салернская школа, расположенная на юге Италии, вблизи Неаполя. Ректором школы Николаем в 1140 г. составлена первая в Европе фармакопея «Антидотарий», где впервые введены унифицированные меры аптекарского веса (гран, скрупул, драхма, унция), употреблявшиеся вплоть до введения метрической системы мер. «Салернский кодекс здоровья» — один из самых знаменитых трудов этой школы, гигиенические и санитарные предписания которого не утратили своего значения до настоящего времени. В 1224 г. императором Священной Римской империи Фридрихом II был издан декрет, разделивший права и обязанности врачей и фармацевтов. Этот декрет положил начало выделению фармации в самостоятельную специальность и дисциплину. Им же были установлены клятва фармацевтов, готовящих лекарственные препараты, правила хранения и отпуска ядов.
Самый большой вклад в развитие фармации XVI в. внес Парацельс (1493 – 1541) – создатель лечебной химии, или ятрохимии. Согласно этому учению живой организм содержит сочетание определенных химических веществ, а болезни вызываются отклонением химического состава организма от нормы. Для восстановления нарушенного равновесия надо воздействовать на организм химическими средствами. Парацельс ввел в медицинскую практику употребление препаратов ртути, меди, сурьмы, железа, мышьяка; развил представление о дозировании лекарств; впервые стал готовить химически чистые препараты и выделил признаки, позволявшие судить о чистоте препарата. Под влиянием ятрохимиков выросло число аптек, возникли новые фармакопеи, были написаны труды по ревизии аптек.
