Система платежей за пользование природными ресурсами создается для решения эколого-экономических задач, что определяет пути ее совершенствования. Прежде всего, для России остро необходимо снизить ресурсоемкость производства, которая в настоящее время продолжает расти несмотря на общий спад производства. Это значит, что плата за пользование природными ресурсами должна увеличиваться, причем данная тенденция должна сопровождаться снижением других видов налогов, особенно на конечной стадии производственно-технологической цепочки, чтобы рост ресурсных платежей способствовал не столько увеличению инфляции, сколько структурным изменениям в производстве.
Второе важное направление — включение системы платежей за пользование природными ресурсами в общую налоговую систему. С усилением регионального планирования при разработке местных программ устойчивого развития (такие примеры уже есть) использование связей между разными видами налогов, а также стимулов и льгот будет расширяться.
Третьим направлением совершенствования является расширение и дифференциация базы платежей за счет введения платежей за пользование рекреационными ресурсами. При этом следует учесть возможность применения компенсационных механизмов, чтобы введение новых видов платежей не сказывалось на росте бесконтрольного потребления природных ресурсов и не вело к социальным конфликтам.
Наконец, весьма важным представляется экологическая направленность развития системы платежей за пользование природными ресурсами, увязанная с уровнем загрязнения окружающей среды (особенно по регионам), а также с оценкой ущербов от нерационального использования природно-ресурсного потенциала территорий.