Статья 339 НК РФ закрепляет два основных метода определения количества ДПИ: прямой и косвенный. Право выбора метода определения количества предоставлено налогоплательщику (часть 2 пункта 2 статьи 339 НК РФ) посредством отражения выбранного метода в учетной политике. Причем выбранный метод остается неизменным в течение всей деятельности по ДПИ (а не года, как обычно). Изменение выбранного метода до истечения указанного срока возможно лишь в случае внесения изменений в технический проект разработки полезных ископаемых в связи с изменением применяемой технологии ДПИ (там же). Вне зависимости от применяемого метода единицей налоговой базы являются единицы массы или объема в зависимости от вида добытого полезного ископаемого (пункт 1 статьи 339 НК РФ).
Прямой метод определения количества полезного ископаемого заключается в применении измерительных приборов (например, весов). Сущность косвенного метода заключается в том, что количество ДПИ определяется расчетным путем в зависимости от данных о содержании ДПИ в извлекаемом из недр (отходов, потерь) минеральном сырье.
Законодательно предусмотрена корректировка результатов прямого метода путем уменьшения полученной величины ДПИ на количество фактических потерь полезного ископаемого. Согласно статье 131 Закона № 57-ФЗ: «Фактическими потерями полезного ископаемого признается разница между расчетным количеством полезного ископаемого, на которое уменьшаются запасы полезного ископаемого, и количеством фактически ДПИ, определяемым по завершении полного технологического цикла по ДПИ. Фактические потери полезного ископаемого учитываются при определении количества ДПИ в том налоговом периоде, в котором проводилось их измерение, в размере, определенном по итогам произведенных измерений». Данное положение Закона № 57-ФЗ практически продублировало аналогичный по смыслу пункт 31 Методических рекомендаций.
При этом технологический процесс по ДПИ включает в себя, помимо самой операции по извлечению минерального сырья из недр (отходов, потерь), комплекс технологических операций (процессов), осуществляемых, как правило, в границах горного отвода, по доведению фактически извлеченного минерального сырья до соответствующего стандарта качества.
Пункт 5 статьи 339 НК РФ устанавливает особенность применения прямого и косвенного методов исчисления количества ДПИ в отношении драгоценных камней. Согласно данному пункту «при извлечении драгоценных камней из коренных, россыпных и техногенных месторождений количество ДПИ определяется после первичной сортировки, первичной классификации и первичной оценки необработанных камней. При этом уникальные драгоценные камни учитываются отдельно и налоговая база по ним определяется отдельно». Таким образом, приведенное правило вновь требует отдельного учета уникальных драгоценных камней, а также отдельного определения по ним налоговой базы.
Количество ДПИ, определяемого в соответствии со статьей 337 настоящего Кодекса как полезные компоненты, содержащиеся в добытой многокомпонентной комплексной руде, определяется «как количество компонента руды в химически чистом виде». «При определении количества добытого в налоговом периоде полезного ископаемого учитывается, если иное не предусмотрено пунктом 8 статьи 339 НК, полезное ископаемое, в отношении которого в налоговом периоде завершен комплекс технологических операций (процессов) по добыче (извлечению) полезного ископаемого из недр (отходов, потерь). При этом при разработке месторождения полезного ископаемого в соответствии с лицензией (разрешением) на ДПИ учитывается весь комплекс технологических операций (процессов), предусмотренных техническим проектом разработки месторождения полезного ископаемого». Данное положение весьма существенно, поскольку, как указывалось выше, глава 26 НК РФ отошла от обязательности факта реализации ДПИ для возникновения обязанности по уплате налога на ДПИ.